看護指導部においては、入所されている幼年期から高齢に至る全ての利用者が活き活きと暮らすことができるよう、安全で安楽なケアの提供を基盤に、生活に愉しみと彩りを添える支援とQOLの向上を目指し、療育活動全般の統括・管理(個別支援計画の作成、各種外出・外泊・行事・日中活動の立案・把握・調整など)を行っています。
また、整肢療護園・むらさき愛育園各看護科及び指導科における組織としての方向性及び目標を明確にし、常にセンターの理念に則して、利用者の健康と生活を支える職員の育成に尽力しています。組織基準として、看護体制10：1の配置を行い、福祉サービス基準として介護職は2：1で配置しており、サービス管理責任者と児童発達支援管理責任者を専任で配置しています。職員の雇用と雇用継続及び人材の育成は組織としての責務ですが、そのための教育体制及び雇用管理体制の改善が求められています。
　 このほか、特別支援学校・地域作業所などとの窓口、看護師・保育士・社会福祉士・介護福祉士の実習やボランティアの受け入れ・指導・評価、見学案内、外部機関による第三者評価における対応、養護状況報告書や個人チェックリストの作成、児童手当・年金を含む預かり金の管理・運用などを担っています。
尚、2018年3月現在の看護指導部職員数は、看護師・准看護師136名、保育士37名、児童指導員31名、介護福祉士16名です。

整肢療護園における看護指導部は、短中期の手術・集中リハビリを目的とするⅠ病棟、保護者不在・拒否・虐待等種々の事情により家庭における養育困難ケースの長期生活支援を目的とするⅡ病棟、8週間の親子入所・短期入所・医療的入園等の在宅支援を目的とするⅢ病棟、手術・中央材料室、整肢療護園に入所している幼児の集団活動の場である幼児保育、18歳以上の入所利用者の調理・製作・運動・視聴覚活動等の場であるカレッジ(むらさき愛育園と重複)を含み、看護師・准看護師・保育士・児童指導員で構成されています。
入所利用者の重度化・障害の多様化が叫ばれて久しく、利用者の現状に即して本館の新築という大きな変化があり、またいずれの部署においても人員配置や業務体制の見直しが逐次行われていますが、その仕事の本質は、昔も今も利用者に安全で楽しい生活を送っていただくこと、そしてそのための支援に尽きます。そのために、前述の職種を問わず、全ての職員が目の前の利用者を見つめつつ、集団全体にも目や気を配り、一人一人に適した看護・保育・生活指導を提供していくことがもとめられています。原則として、24時間寝食を共にするような入所中のケアが業務ではありますが、在宅ケースに対する入所前後の細やかなケアや、長期入所ケースの進路の検討や他院受診等も支援しています。
一方、時代の流れとともに医療的ケアを必要とする利用者の増加、あるいは事故防止対策の厳重化や感染症拡大予防に伴い、より一層正確で慎重な支援がもとめられ、一時に大人数が参加するようなイベントや外出は実施が難しくなる傾向にありますが、出来る限り、季節にちなんだ行事や、利用者にとって気分転換にも社会性の獲得にも繋がるような外出は継続し、多面的に充実した生活が過ごせることを念頭に置いています。合わせて、生活の潤いとしてプール活動を中心としたリハビリテーション体育やスヌーズレン活動、ヒーリングアート活動を実施しつつ、利用者が在籍している特別支援学校とは常日頃から密な連携を保持しています。

むらさき愛育園は、療育センターの東南に位置し、東西に長い施設で、4病棟からなっています。中央には大きなホールがあり、病棟ごとに春夏行事、クリスマス会(療護園も同様)、新年会やむらさき愛育園主催の各種コンサートやお祭りが開かれています。むらさき愛育園東2階病棟は、昭和42年5月に1階病棟として最初に開設された病棟で、昭和43年2階病棟(現西2階病棟)が開設、昭和55年に東病棟(現、東1階病棟)、昭和63年に西病棟(現西1階病棟)が開設され、4病棟体制のもと運営されてきました。
平成19年診療報酬改訂により、看護師夜勤者数が2名の配置となることから、4病棟体制から3病棟体制に移行実施されることになりました(その後、平成30年に再度4病棟体制に復帰)。病棟の医療・看護ニーズも高くなるにつれ、それまで比較的障害の軽度の利用者を受け持っていた病棟にも医療ニーズの高い利用者が生活するようになりました。そして現在では、平均年齢51.6才と高齢施設となっています。25年前には、利用者の成人病の発生が危惧されると指摘されていましたが、現在は成人病の発生から看取りを必要とする利用者が増加しています。一方、病棟ごとに日中活動の充実に取り組み、部屋別活動に加え、サークル活動やボランティア活動、全利用者対象の日中活動｢カレッジ｣(年齢や個性に応じた成人の利用者向けの活動)を提供しています。措置から契約に移り、サービスの有料化に伴い外部事業所を利用した個別活動も取り入れています。一時凍結されていた一泊旅行は、個人年金を使った沖縄旅行を実現、利用者のライフステージにあわせた活動支援を行っています。
利用者の高齢化はますます進み、それに伴う病棟職員の看護・介護技術の更なる向上、日中活動支援の充実が求められます。